Как вы, наверное, уже догадались, речь пойдет о JNI. Для тех, кто не знает что это, объясняю: JNI (или java native interface) — это такая штука, которая позволяет делать вызовы нативного кода из java машины и наоборот.
Зачем это может потребоваться? Есть несколько причин: необходимость использовать код, который уже написан для нативной платформы, необходимость реализовать что-то такое, что невозможно сделать с помощью одной JVM (например, работа с какими-нибудь специфическими железками), ну и ускорение выполнения критических кусков кода (правда, это весьма спорный момент).