Обнаружил жесткую нехватку информации по биоинформатике в русском сегменте. Не знаю, уж, востребована она или нет, но хочу предоставить на суд читателя вводную часть, которую можно назвать практическая биоинформатика, которой мне очень не хватало для ознакомления с предметом. В этой главе я хочу описать путь, который пришлось пройти мне до настоящего момента, когда я уже не шарахаюсь от фраз: вот вам FASTQ файл и постройте мне bed graph для genome browser. Чтобы в дальнейшем вести разговор об интересном, хочу по диагонали пройтись по определениям и программам первичной обработки данных, без которых трудно говорить на одном языке.

Это первая статья в серии, где я буду документировать мой опыт написания веб-приложения на Python, используя микрофреймворк Flask.

Здесь список всех статей в серии:
Часть 1: Привет, Мир!
Часть 2: Шаблоны
Часть 3: Формы
Часть 4: База данных
Часть 5: Вход пользователей
Часть 6: Страница профиля и аватары
Часть 7: Unit-тестирование
Часть 8: Подписчики, контакты и друзья
Часть 9: Пагинация
Часть 10: Полнотекстовый поиск
Часть 11: Поддержка e-mail
Часть 12: Реконструкция
Часть 13: Дата и время
Часть 14: I18n and L10n
Часть 15: Ajax
Часть 16: Отладка, тестирование и профилирование
Часть 17: Развертывание на Linux (даже на Raspberry Pi!)
Часть 18: Развертывание на Heroku Cloud

Моя предыстория

Я разработчик ПО с двузначным числом лет опыта разработки комплексных приложений на нескольких языках. Впервые я познакомился с Python для создания привязок к C++ библиотеке на работе. Вдобавок к Python, я писал веб-приложения на PHP, Ruby, Smalltalk и, верите вы или нет, еще на С++. Из всего этого, я нахожу комбинацию Python/Flask самой гибкой.

Рад сообщить, что вышел перевод отличнейшего учебника Дасгупты, Пападимитриу, Вазирани «Алгоритмы», над которым я работал последние несколько лет. В книге многие алгоритмы объяснены гораздо короче и проще, чем в других учебниках: с одной стороны, без излишнего формализа, с другой — без потери математической строгости. Откройте книгу на каком-нибудь известном вам алгоритме и убедитесь в этом. =)

В общем, угощайтесь: печатный вариант перевода, электронный вариант перевода (PDF), печатный вариант оригинала, электронный вариант оригинала (PDF).

В этой заметке рассматривается алгоритм MRO С3 и некоторые специфические проблемы множественного наследования. Хотя и алгоритм и проблемы не ограничиваются рамками одного языка, я акцентировал своё внимание на Питоне. В конце приведён список полезных ссылок по данной теме.

Это перевод 1.17 версии руководства от Rafe Kettler.

Содержание

1. Вступление
2. Конструирование и инициализация
3. Переопределение операторов на произвольных классах
   • Магические методы сравнения
   • Числовые магический методы
4. Представление своих классов
5. Контроль доступа к атрибутам
6. Создание произвольных последовательностей
7. Отражение
8. Вызываемые объекты
9. Менеджеры контекста
10. Абстрактные базовые классы
11. Построение дескрипторов
12. Копирование
13. Использование модуля pickle на своих объектах
14. Заключение
15. Приложение 1: Как вызывать магические методы
16. Приложение 2: Изменения в Питоне 3

Вступление

Что такое магические методы? Они всё в объектно-ориентированном Питоне. Это специальные методы, с помощью которых вы можете добавить в ваши классы «магию». Они всегда обрамлены двумя нижними подчеркиваниями (например, __init__ или __lt__). Ещё, они не так хорошо документированны, как хотелось бы. Все магические методы описаны в документации, но весьма беспорядочно и почти безо всякой организации. Поэтому, чтобы исправить то, что я воспринимаю как недостаток документации Питона, я собираюсь предоставить больше информации о магических методах, написанной на понятном языке и обильно снабжённой примерами. Надеюсь, это руководство вам понравится. Используйте его как обучающий материал, памятку или полное описание. Я просто постарался как можно понятнее описать магические методы.

Хай, Хабр!
Сегодня я хочу представить, дорогому хабрасообществу свой первый хабраперевод. Программировать на языке Python — подобно песне. Но еще лучше, когда Ваш код читаем и понятен, а значит чуть более поэтичен, чем обычно бывает производстве. У каждого свои правила и свои стереотипы относительно написания и оформления исходного кода, на каком бы языке он ни был написан. Множество копий сломано о щиты на форумах, но, как ни крути, нельзя не считаться с мнением авторитетных товарищей. Так что сейчас будет представлен перевод первой части стайл-гайда для языка Python от Google. Коснется он именно постулатов написания кода (вторая часть тоже скоро появится, а посвящена она будет форматированию исходного кода). Сразу предупреждаю: тут много (если не большая часть) прописных истин, которые все знают уже давно. Но я искренне надеюсь, что Вы сможете найти тут что-то новое или хотя бы вспомнить старое. Приступим под катом. И pdf тут как тут.

Недавно мне довелось разобраться и устранить несколько утечек памяти в популярном фреймворке Торнадо. Не беда, если вы никогда его не использовали, потому что описанное будет мало связано с ним. Рассказать я хочу о методах, которые я использовал для поиска и устранения утечек.

Все сказанное будет по большей части справедливо только для самой популярной реализации Питона — CPython. Как известно, в нем есть два механизма освобождения памяти. Первый из них — подсчет ссылок. Каждый раз, когда вы явно или не явно создаете новый объект, его счетчик ссылок равен единице. Если вы присваиваете этот объект новой переменной или передаете в качестве аргумента, его счетчик ссылок увеличивается. При выходе из функции количество ссылок на объекты, которые были в локальных переменных и аргументах, уменьшается. Если для какого-то объекта количество ссылок становится равным нулю, он немедленно уничтожается.

Это схема отлично работает до тех пор, пока не появляются объекты, ссылающиеся друг на друга. Самый простой пример — узлы какого-то дерева, хранящие ссылки на свои дочерние и родительский узлы. Узлы продолжат ссылаться друг на друга, даже когда не останется других внешних ссылок ни на один из них. Самое неприятное, что такие узлы могут ссылаться на какие-то другие данные и не давать их освободить. Чтобы устранить такие циклические ссылки, в Питоне существует второй механизм освобождения памяти — сборщик мусора. Он запускается время от времени, ставя выполнение остального кода на паузу, и анализирует все неосвобожденные объекты.

Формально, циклические ссылки нельзя назвать утечками: сборка мусора рано или поздно уничтожит такие объекты. Беда только в том, что Питон не может сам определить, когда еще рано, а когда уже поздно. В моем случае система просто прибивала процесс с Питоном, если сборка мусора не начиналась вовремя.

Хочу поделиться набором ссылок на нексолько полезных, интересных и, возможно, не самых известных материалов по JavaScript. Из них вы узнаете немного больше об истории появления языка, о его настоящем, тонкостях реализации в различных браузерах, и о будущем развития стандарта ECMAScript. О различных способах наследования в том числе об эмуляции «классического» ООП, множественном наследовании и миксинах. О функциональном стиле программирования в JavaScript: чистые функции, map, reduce, частичное применение и композиции функций. И, наконец, что если бы Хемингуэй писал на JavaScript?

Метод численного интегрирования Верле издавна использовался для вычисления траекторий частиц. Сам метод был впервые использован ещё в 1791 году французским астрономом Жаном-Батистом-Жозефом Деламбром. В 1907 норвежский математик и физик Карл Штёрмер использовал его для моделирования движения частиц в магнитном поле, поэтому иногда этот метод называют методом Штёрмера. Современное название этот алгоритм получил от имени французского физика Лу Верле, который в 1967 году использовал его в моделировании молекулярной динамики. В последнее время метод Верле применяется и в разработке компьютерных игр.

В интернете, в том числе и на хабре, можно найти много информации про фильтр Калмана. Но тяжело найти легкоперевариваемый вывод самих формул. Без вывода вся эта наука воспринимается как некое шаманство, формулы выглядят как безликий набор символов, а главное, многие простые утверждения, лежащие на поверхности теории, оказываются за пределами понимания. Целью этой статьи будет рассказать об этом фильтре на как можно более доступном языке.
Фильтр Калмана — это мощнейший инструмент фильтрации данных. Основной его принцип состоит в том, что при фильтрации используется информация о физике самого явления. Скажем, если вы фильтруете данные со спидометра машины, то инерционность машины дает вам право воспринимать слишком быстрые скачки скорости как ошибку измерения. Фильтр Калмана интересен тем, что в каком-то смысле, это самый лучший фильтр. Подробнее обсудим ниже, что конкретно означают слова «самый лучший». В конце статьи я покажу, что во многих случаях формулы можно до такой степени упростить, что от них почти ничего и не останется.

Эта статья посвящена бесцельному путешествию по вырожденной форме Ruby в попытках узнать больше о функциональном программировании, простоте и дизайне программных интерфейсов.

Предположим, что единственный способ представления кода — лямбда-выражение, а единственная доступная структура данных — массив:

square = ->(x) { x * x }
square.(4) # => 16

person = ["Dave",:male]
print_person = ->((name,gender)) {
  puts "#{name} is a #{gender}"
}
print_person.(person)

Это самые основы функционального программирования: функции — единственное, что у нас есть. Давайте попробуем написать что-то более похожее на реальный код в таком же стиле. Посмотрим, как далеко мы сможем зайти без особых мучений.

Добрый день. Предлагаю свой вариант перевода уроков по Unity3d от www.unity3dstudent.com

Введение.

Данная статья представляет из себя первый набор базовых (из раздела Beginner) уроков. Уроки в основном нацелены на изучение скриптинга и использование компонентов.
Поэтому предполагается, что с основами работы в GUI Unity вы слегка знакомы. Если нет, изучите вводный раздел на этом же сайте.
Уроки достаточно ясные и короткие, так что трудностей в процессе их изучения должно возникать минимум.

PS: А хорошо это или плохо — вопрос достаточно сложный.

В некоторых местах уроков есть минимальные косметические изменения, не затрагивающие основную суть.

Доброго времени суток. Это статья — перевод заинтересовавшего меня поста в блоге аспиранта Университета штата Нью-Йорк в Стоуни-Брук. Статья в доступной форме описывает основные концепции функционального программирования, их преимущества и недостатки. Думаю она будет полезна широкому кругу читателей, которые сомневаются, нужно ли им углубляться в мир функционального программирования или нет. Пожелания, предложения и замечания по переводу и терминологии принимаются по личной почте.

Мнение переводчика может иногда не совпадать с мнением автора, но переводить статью было крайне занимательно.

UPD: альтернативный вариант перевода вы можете найти на rsdn (спасибо flamingo за ссылку).

Это первая статья из серии «Сети для самых маленьких». Мы с товарищем thegluck долго думали с чего начать: маршрутизация, VLAN'ы, настройка оборудования.
В итоге решили начать с вещи фундаментальной и, можно сказать, самой важной: планирование. Поскольку цикл рассчитан на совсем новичков, то и пройдём весь путь от начала до конца.

Предполагается, что вы, как минимум читали о эталонной модели OSI (то же на англ.), о стеке протоколов TCP/IP (англ.), знаете о типах существующих VLAN’ов (эту статью я настоятельно рекомендую к прочтению), о наиболее популярном сейчас port-based VLAN и о IP адресах (более подробно). Мы понимаем, что для новичков «OSI» и «TCP/IP» — это страшные слова. Но не переживайте, не для того, чтобы запугать вас, мы их используем. Это то, с чем вам придётся встречаться каждый день, поэтому в течение этого цикла мы постараемся раскрыть их смысл и отношение к реальности.



Начнём с постановки задачи. Есть некая фирма, занимающаяся, допустим, производством лифтов, идущих только вверх, и потому называется ООО «Лифт ми ап». Расположены они в старом здании на Арбате, и сгнившие провода, воткнутые в пожжёные и прожжёные коммутаторы времён 10Base-T не ожидают подключения новых серверов по гигабитным карточкам. Итак у них катастрофическая потребность в сетевой инфраструктуре и денег куры не клюют, что даёт вам возможность безграничного выбора. Это чудесный сон любого инженера. А вы вчера выдержали собеседование и в сложной борьбе по праву получили должность сетевого администратора. И теперь вы в ней первый и единственный в своём роде. Поздравляем! Что дальше?

Вы когда нибудь задумывались о том, что происходит, когда вы ставите точку в python? Что скрывает за собой символ str(“\u002E”)? Какие тайны он хранит? Если без мистики, вы знаете как происходит поиск и установка значений пользовательских атрибутов в python? Хотели бы узнать? Тогда… добро пожаловать!

Полупроводниковая электроника существенно изменила мир. Многие вещи, которые долгое время не сходили со страниц произведений фантастов стали возможны. Чтобы знать, как работают и чем уникальны полупроводниковые приборы, необходимо понимание различных физических процессов, протекающих внутри.

В статье разобраны принципы работы основных полупроводниковых устройств. Описание функционирования изложено с позиции физики. Статья содержит вводное описание терминов, необходимых для понимания материала широкому кругу читателей.

Иллюстраций: 34, символов: 51 609.

Введение

Многие программисты считают написание квайнов (программ, выводящих свой исходный код) непосильной задачей. И действительно — все эти цепные квайны и квайны различного порядка, при взгляде на которые можно потеряться в, казалось бы, бессмысленном наборе символов…

Однако, на самом деле, написать квайн на каком-либо языке не так сложно, как кажется. Сейчас я расскажу, как сделать это на различных языках программирования. Более того, мы не будем использовать «хаки» интерпретеруемых языков вроде операции вывода исходного кода и функций типа eval и напишем квайны на интерпретируемых и компилируемых языках.

Краткий обзор

В этой статье я расскажу о том, что такое дескрипторы, о протоколе дескрипторов, покажу как вызываются дескрипторы. Опишу создание собственных и исследую несколько встроенных дескрипторов, включая функции, свойства, статические методы и методы класса. С помощью простого приложения покажу, как работает каждый из них, приведу эквиваленты внутренней реализации работы дескрипторов кодом на чистом питоне.

Изучение того, как работают дескрипторы, откроет доступ к большему числу рабочих инструментов, поможет лучше понять как работает питон, и ощутить элегантность его дизайна.

Я заметил, что на хабре было достаточно много постов о таких классических структурах данных, как стек, очередь, хип; рассматривались так же дерево отрезков и множество различных деревьев поиска, но очень мало внимания уделялось персистентным структурам данных. В этом цикле статей я хотел бы поговорить как раз о них. Так уж сложилось, что я достаточно давно занимаюсь олимпиадным программированием, так что рассматривать я их буду с точки зрения моего опыта применения персистентных структур в этой области.

Здравствуйте!

Те, кто занимается программированием рано или поздно сталкивается с необходимостью прохождения технического собеседования у потенциального работодателя.

О том, что спрашивают на собеседовании у C++ программистов, а также об ответах на эти вопросы и пойдет речь в данном посте.