TLDR: крохотные модельки обошли модные графовые нейронки в предсказании свойств молекул.
Код: здесь. Берегите Природу.
ФОТО: Андерс Хеллберг для Wikimedia Commons, модель — Грета Тунберг
Необученная графовая свёрточная нейронная сеть [1] (uGCN) со случайной инициализацией весов уже пару лет занимает первое место в моём списке алгоритмов для задач машинного обучения на графах из-за копеечной стоимости, простоты реализации, да вполне очевидной элегантности решения. В то же время, насколько мне известно, никто ещё не не проводил соревнований между этой простой моделью и её старшей сестрой — полноценно обученной графовой свёрточной нейронной сетью (GCN) в режиме обучения с учителем. Вот я сделал.
Мотивация: показать, что uGCN выдаёт качественные представления, которые можно использовать в последующих задачах машинного обучения в индуктивном режиме, когда модели обобщаются к не виденным ранее данным (вдохновлено недавним отчётом [2] о производительности простых моделей в трансдуктивном случае).
Полученные результаты — занимательны. В худшем случае простые модели (uGCN + degree kernel + random forest) показали счёт 54:90 против полноценно обученных GCN, в то время как реалистичный сценарий закончился разгромным реваншем 93:51, указывающим на то, что мы можем позволить себе почти бесплатные эмбеддинги, которые превосходят или показывают результаты на уровне полноценно обученных GCN в задаче предсказания свойств графа (например — эффекта медикаментов: яд или лекарство) за долю стоимости. Простые модели обучались ~10 минут в то время как весь эксперимент продлился ~4 часа. Перейдём же к деталям и разберёмся с тем, что произошло!