Летом 2019 года в седьмой раз проходила летняя школа по биоинформатике — недельный образовательный интенсив для ста студентов и недавних выпускников из разных городов и стран, делающих первые шаги в этой области.

Биологи, медики, программисты, математики, физики, химики — самые распространенные специальности участников школы — условно поделились на два потока «биологов» и «информатиков». Лекции и практики были посвящены различным биоинформатическим методам и их применению в медицине и биологии: начиная от эволюции и заканчивая анализом данных секвенирования одиночных клеток и старением.

Ниже мы делимся обзором, видеозаписями и слайдами 15 прошедших лекций. Помеченные звёздочкой «*» можно смотреть без подготовки или с базовыми знаниями.

Приятного просмотра!

Каждый год в конце июля Институт биоинформатики совместно с СПбАУ РАН проводит летнюю школу по биоинформатике. В этой небольшой статье собраны лекции (видео и слайды) за два последних года проведения летних школ.

Вводные слова о школе

Каждый год на школу приезжает 100 студентов и аспирантов со всей России, СНГ и других стран. В основном это биологи, медики, программисты, математики и физики. В течение недели участники погружаются в мир биоинформатики: просыпают посещают лекции и семинары, много общаются друг с другом и работают над научными проектами.

Какими программами постоянно пользуются люди? Если подумать над этим вопросом, то окажется, что список этот не такой уж большой. К постоянно используемым программам можно отнести: саму операционную систему, файловый менеджер, текстовый редактор, браузер, мессенджер. Это именно тот базовый набор, которым пользуется на компьютере практически каждый человек. Требования к таким программам должны быть высокими: безотказная работа, быстрое выполнение всех функций, понятный и удобный интерфейс.

Можно сказать, что вышеперечисленный набор программ — это самые нужные программы, которыми пользуется человек в цифровую эпоху. Этот список покрывает все базовые потребности человека-пользователя. Или не все? Есть ли еще одна базовая потребность, которая не учтена в вышеприведенном списке самых необходимых программ? Является ли эта потребность самой важной из тех, что должен автоматизировать компьютер? Для меня такая потребность есть, но в списке самых используемых программ ей места не нашлось. Что же это за потребность?

Полтора года назад я принял вызов прочитать 100 книг за год. Авантюра полностью себя не оправдала, так как некоторые книги я перечитывал, но однозначно оказалась полезной. По итогам последних двух лет я составил список книг, которые каким-то образом повлияли на мою жизнь. Составлял я его для себя, но позже решил, что он пригодиться и вам.

Сегодня мы предлагаем вам ознакомиться с одним из курсов Техносферы, который посвящён программированию на Perl. Этот курс открытый — на него может записаться любой студент или аспирант МГУ имени М.В. Ломоносова. Также в Техносфере есть еще несколько открытых курсов, 1 сентября на них открывается запись. В этом семестре вас ждет приятное дополнение: они будут подкреплены методическим материалом, который будет содержать достаточно информации, чтобы по нему можно было вспомнить материал любой лекции и при необходимости более глубоко её изучить.

Цель курса «Программирование на Perl» — узнать возможности языка (его сильные и слабые стороны), научиться писать программные продукты на этом языке, научится быстро ориентироваться в чужом коде. Под катом находятся все лекции в формате видео и краткое описание к ним.

Согласно психологическим исследованиям, эмоции от ожидания события почти всегда превосходят по накалу переживание самого события.

Боязнь попросить у босса повышение зарплаты парализует и может длиться месяцами. Но когда вы всё-таки соберётесь это сделать, всё закончится очень быстро. Возбуждённое ожидание обладания каким-то объектом или достижения какой-либо цели может превратиться в манию. Но вскоре после получения желаемого вам становится скучно, и вы начинаете искать что-то другое. «Мы покупаем вещи, чтобы они делали нас счастливее, и нам это удаётся. Но ненадолго. Новые вещи нас сначала радуют, а потом мы к ним адаптируемся»,- говорит доктор Томас Гилович, психолог из Корнеллского университета.

Занятно, что ваш разум может обмануть вас и сделать идею чего-либо более приятной, чем сам этот предмет, так что вы наслаждаетесь самой идеей, и не воплощаете её в жизнь. В своей новой книге «Эго – это враг» [Ego is the Enemy], Райан Холидэй [Ryan Holiday] объясняет, что главным препятствием на пути к успеху является представление об успехе.

Мечтать очень легко. Легко рассказывать людям о своих устремлениях. Легко создавать визуальную доску желаний и записывать цели. Легко стоять перед зеркалом и декларировать намерения. И обычно все на этом останавливаются.

Сам процесс мечтания мешает вам достигать вашей цели. Вы проиграли в голове свою мечту с такими подробностями, что вам этого уже достаточно. Вы охладеваете и обманываете себя тем, что верите, будто сделали что-то продуктивное.

В результате, пробуя непосредственно само действие, вы натыкаетесь на стену сопротивления. Чаще всего вы отвлекаете себя от этого дискомфорта неким сиюминутным удовольствием. Роберт Грин объясняет в своей книге «Мастерство» [Mastery], что можно научиться любить это внутреннее сопротивление. Он пишет: «Вы находите некое извращённое удовольствие в том, чтобы двигаться сквозь боль, которую это может принести».

Привет! Когда хабраэффект в декабре постиг мою книгу, у нас за два дня появилось несколько сотен заказов от людей. Особых людей. Колл-центр осторожно назвал новую для себя категорию «глубоко погружёнными в IT». До этого игры как-то не особо затрагивали самую красноглазую часть сообщества, а книга вот зацепила.

На второй день девушки расслабились и постарались получить удовольствие.

Расскажу, на что это похоже.

Введение

CMake (от англ. cross platform make) — это кроссплатформенная система автоматизации сборки программного обеспечения из исходного кода.

CMake не занимается непосредственно сборкой, a лишь генерирует файлы управления сборкой из файлов CMakeLists.txt.

Динамические библиотеки. Теория

Создание динамических библиотек со статической линковкой в ОС Windows отличается от ОС GNU/Linux.

На ОС Windows для этого требуется связка .dll (dynamic link library) + .lib (library) файлов.
На ОС GNU/Linux для этого нужен всего лишь один .so (shared object) файл.

Личные фото некоторых знаменитостей, включая Дженнифер Лоуренс, Кейт Аптон и Ариана Гранде были опубликованы анонимным хакером на сайте 4Chan. Судя по всему, утечки стали возможными благодаря взлому аккаунтов от облачного хранилища Apple iCloud, в которое автоматически копируется информация со всех устройств Apple, о чем большинство пользователей даже не задумываются.

Пока речь не идет о какой-то глобальной уязвимости в сервисе, возможно, девушки стали жертвами целевых атак и каждый аккаунт был скомпрометирован отдельно, а информация накапливалась в течение продолжительного времени.

Пресс-секретарь Дженнифер Лоуренс сделал заявление, подтверждающее, что фотографии являются подлинными:

Общая теория распознавания

Мы, наконец, дошли до самой интересной темы – распознавания символа. Но для начала давайте немного разберемся с теорией, чтобы было понятнее, что именно и почему мы делаем. Общая задача автоматического распознавания или машинного обучения выглядит следующим образом.

Есть некоторый набор классов C и пространство объектов R. Есть некая внешняя «экспертная» система, с помощью которой для произвольного объекта можно определить, к какому классу он относится.

Задача автоматического распознавания – построить такую систему, которая на основе переданной ей ограниченной выборки заранее классифицированных объектов выдавала бы для любого нового переданного ей объекта соответствующий ему класс. При этом суммарная разница в классификации между «экспертной» системой и системой автоматического распознавания должна быть минимальной.

Система классов может быть дискретной или непрерывной, множество объектов может быть какой угодно структуры, экспертная система может быть произвольной, начиная с обычных человеческих экспертов, оценка точности может производиться только на некоторой выборке объектов. Но в своей основе практически любая задача автоматического распознавания (от ранжирования результатов поиска до медицинской диагностики) сводится именно к построению связки между объектами из заданного пространства и набором классов.

Систему распознавания текста в FineReader можно описать очень просто.

У нас есть страница с текстом, мы разбираем ее на текстовые блоки, затем блоки разбираем на отдельные строчки, строчки на слова, слова на буквы, буквы распознаем, дальше по цепочке собираем все обратно в текст страницы.



Выглядит очень просто, но дьявол, как обычно, кроется в деталях.

Про уровень от документа до строки текста поговорим как-нибудь в следующий раз. Это большая система, в которой есть много своих сложностей. В качестве некоторого введения, пожалуй, можно оставить здесь вот такую иллюстрацию к алгоритму выделения строк.



В этой статье мы начнём рассказ про распознавание текста от уровня строки и ниже.

Действие новой части франшизы Assassin's Creed: Syndicate происходит в викторианскую эпоху и один из главных героев по имени Якоб Фрай использует, кроме ставшего уже классическим, скрытого клинка убийцы, еще и приспособление с крюком и веревкой, которое позволяет перемещаться ему, как Бэтмену девятнадцатого века, между зданиями. Но можно ли создать подобное устройство в реальности?

Данным вопросом задались пиарщики Ubisoft и обратились к изобретателю Колину Ферзу с заказом на создание прототипов устройств, используемых героем их новой игры.

Увидев переводную публикацию о поддержке древнего как кости мамонта legacy-кода, не могу не поделиться историей из своего опыта, а заодно, и призвать написать тех, кто также как и я сталкивался с подобными задачами. Да и за державу обидно — почему подобные публикации – в основном, переводные? У нас есть и было немало программистов-самородков, ваяющих свое, ни с чем не совместимое программное обеспечение – свои собственные СУБД, графические интерфейсы, драйвера для промышленного оборудования собственной разработки. По работе я немало сталкивался с творениями местных кулибиных, и еще расскажу про них, если будет интерес.

Случилась эта история в 2001 году и началась с того, что в FIDO-шной конференции $CRACK$.TALKS

Добрый день, Geektimes!

Сегодня мы хотели бы немного рассказать вам о новом сплаве носимых устройств и технологий мобильной виртуальной реальности — обновленных очках виртуальной реальности Samsung Gear VR Innovator Edition. Совместное детище компаний Samsung и Oculus полностью оптимизировано под флагманские смартфоны нового поколения Samsung Galaxy S6 и Galaxy S6 edge. Что изменилось в новой версии гаджета? Об этом вы узнаете под катом.

О чем речь

В данном посте я бы хотел описать часть системы времени выполнения (RTS — RunTime System в дальнейшем) компилятора DVMH. Рассматриваемая часть, как видно из заголовка, относится к обработке пользовательских массивов на GPU, а именно, их автоматическая трансформация или реорганизация в памяти ускорителя. Данные преобразования делаются для эффективного доступа к памяти GPU в вычислительных циклах. Что такое DVMH, как можно подстраиваться под вычисления и почему это делается автоматически — описано далее.

Недавно сайт Fog Creek взял у меня интервью, и один из вопросов был связан с моими любимыми книгами по программированию, кодированию и разработке программ. Мне этот вопрос запомнился потому, что я давно себя считаю заядлым книжным ботаником. Книжный ботаник я потому, что безумно люблю книги о науке, компьютерах и программировании. Каждые несколько месяцев я уделяю день или два исследованию недавно изданной литературы и покупке наиболее понравившихся экземпляров. Я мог бы вечно разговаривать о своих любимых книгах. Ведь у меня их так много.

Меня настолько заинтересовал вопрос о книгах, что я решил начать новую серию статей на своём сайте catonmat о моих топ-100 книгах о программировании, программном обеспечении, науке, физике, математике и компьютерах. В каждой статье я буду размещать по пять книг, ведь разбивать огромное задачи на маленькие подзадачи — это самый простой способ их решать (GTD — get things done).

Взгляните на мою книжную полку, чтобы убедиться, что я настоящий ботаник:

Я вообще давно собирался рассказать о том, как меня радуют перемены в Роскосмосе, но тут: бах "Прогресс", ба-бах "Протон", пшик движки на МКС, "я сваливаю" — туристка Сара Брайтман… Кажется, валиться стало все сразу, и из космоса, и из рук.

После "Протона" каждый эксперт и "эксперт" захочет высказаться. И хотя я скорее отношусь ко вторым чем к первым — постараюсь изложить свой взгляд на ситуацию. Я уверен, что нынешняя серия аварий и сбоев — это прямой результат начавшихся в 2014 году реформ. Но представляю их последствия не в том виде, как многие другие.

Каждому иногда приходится размышлять над тем, что же происходит в ИТ, как оно будет дальше развиваться, и как потом с этим жить. Хотелось бы этим постом ответить на статью «Мысли об идеальном языке программирования».

Что мы видим в оригинальной статье? Осведомленный о современных тенденциях языкостроения автор оценивает один из флагманских языков системного программирования, рассуждая, каких еще положительных концепций и архитектурных решений можно воткнуть в современный язык методом наращивания фич силами огромного общемирового сообщества.

Приветствую,

В этом посте я бы хотел зафиксировать свои уже гаснущие воспоминания о получении «Data Science, a 9-course specialization by Johns Hopkins University on Coursera. Specialization Certificate», фокусируясь на организационной стороне вопроса. Т.е. я не буду рассуждать о том, насколько это престижный сертификат, какой преподаватель скучнее и достаточно ли знаний дается. На мой взгляд — это вопросы субъективные. Вместо «зачем», я расскажу о том «как»: в каком порядке и как проходить курсы, на что обращать внимание при сдаче тестов и курсовых, и что получается в результате.