Биоинформатика стремительно набирает популярность и превращается из убежища для гиков в широко известную устоявшуюся дисциплину. Думаю, большинство читателей Geektimes с уверенностью могут сказать, что кролик — это не только ценный мех и 3-4 килограмма диетического мяса, но и 44 хромосомы, множество разнообразных белков, механизмов транскрипции и трансляции и чего только не. Также я вряд ли кого-нибудь удивлю, если скажу, что все это можно изучать и анализировать не только стоя в белом халате у микроскопа в стерильной лаборатории, но и лежа на диване с ноутбуком, попивая что-то шотландское со льдом. Однако, дальше этого познания обычно не заходят. Я решил-таки попытаться исправить это досадное недоразумение и сделать короткую экскурсию в то, как выглядит биоинформатика изнутри с практической точки зрения, исходя из своего опыта.

В этой статье я соберу вопросы, которые сам же задавал три года назад, в бытность еще студентом математического факультета, и постараюсь на них ответить.

Хотите, чтобы руководитель компании вам солгал? Спросите у него про отношение к конкурентам.
Большинство ответит так.

• Мы любим наши конкурентов. Они помогают нам становиться лучше.
• Мы никогда бы не стали лидером, если бы нам не помогали конкуренты.
• Мы не боимся конкурентов, мы сильнее их.

Ну вы же понимаете, что всё это неправда...

Многие студенты, впервые сталкиваясь с описанием какой-нибудь хитроумной штуки, вроде алгоритма Кнута – Морриса – Пратта или красно-чёрных деревьев, тут же задаются вопросами: «К чему такие сложности? И это, кроме авторов учебников, кому-нибудь нужно?». Лучший способ доказать пользу алгоритмов – это примеры из жизни. Причём, в идеале – конкретные примеры применения широко известных алгоритмов в современных, повсеместно используемых, программных продуктах.



Посмотрим, что можно обнаружить в коде ядра Linux, браузера Chromium и ещё в некоторых проектах.

Голландские компьютерщики нашли самый дешёвые вариант для серверных стоек. Это стандартные квадратные столики LACK, которые продаются по 5 евро в мебельном магазине IKEA. По счастливой случайности, расстояние между ножками у них составляет 19" — в точности по размеру стандартного серверного юнита. При этом столики отлично крепятся друг с другом, как конструктор Lego.



Проект LACKRack был впервые представлен на компьютерной конференции eth0 несколько дней назад.

P.S. Тема уже обсуждалась на Хабре, здесь просто больше фотографий в качестве DIY-инструкции (под катом).

Публикация – основная единица связи автора с читателем. Практика показывает, что на Хабре можно разместить почти любой формат: небольшой анонс и лонгрид-обзор, интервью, фотоотчёт, трансляцию события, урок и многое-многое другое. Нередко успех публикации зависит и от её оформления – приятно оформленный материал читать одно удовольствие. В этой статье мы постараемся предоставить вам много полезных советов по хорошему оформлению материала.

И первый лайфхак – кликабельная картинка до ката, которая ведёт сразу внутрь публикации:

Дано: собственные и аутсорс-проекты, некоторые участники работают удаленно.

Требуется: необходимо быстро назначать задачи исполнителям, планировать спринты, трекать выполнение и статусы, визуализировать процессы и делиться результатами с заказчиками.

Выбирая для себя сервисы, с помощью которых мы могли бы работать над проектами в несколько раз эффективнее, у нас сложился целый список различных сервисов таск- и тайм-менеджмента, для управления и планирования проектов, командной работы, построения онлайн диаграмм и т.д.

Изначально сервисов было более 100, но постепенно список сокращался, и мы остановили наш выбор на трех, удовлетворяющих вместе наши нужды лучше всего: Jira, Slack и GanttPro. Но, если вдруг эти сервисы не помогут вам в планировании задач и работы с командой, делюсь с вами полным списком:

Процесс поиска очень часто усложняется тем, что все сервисы, как один, пишут «Лучший сервис, помогающий превратить ваши идеи в реальность и реализовать ваши проекты. Сегодня.». Так, а что вы делаете-то? Поэтому в этом списке без лишних эпитетов, только что какой сервис умеет. :)

Привет, Хабр! Меня зовут Владимир, мне 28 лет и я наркоман наркоман. Мой наркотик – простота. На простоту я подсел из-за своего перфекционизма, которым меня наградили при рождении.

Врачи говорят, что это взаимосвязано, мол перфекционизм — это стремление к совершенству, а простота позволяет подобраться к этому мифическому совершенству. Чем проще решение, тем меньше ошибок можно допустить, вот я и подсел. Я не стал с ними спорить и вместо того, что бы искать виновников моей истории, решил с этим жить и постараться повысить качество этой самой жизни.

Мир вокруг не идеален, сложную вещь сделать простой – невероятно сложно, поэтому всё чрезмерно усложнено. Людям нравится чувствовать себя профессионалами, поэтому они оперируют сложными терминами, когда в этом нет необходимости, так они ощущают свою значимость и заполняют пустоту, которая образовалась из-за страха потерянного времени.

Молодой программист, едва закончивший или ещё даже не закончивший ВУЗ, готов свернуть горы, учиться, учиться и ещё раз учиться и ему близлежащее будущее кажется таким:



Но более опытные товарищи знают, что на самом деле на его пути давно уже заботливо разложены грабли и путь от Junior'а к Senior'у выглядит как-то так:



Давайте вспомним некоторые типичные грабли, на которые мы все (ну или большинство) наступали сами того не замечая. Конечно, для опытных разработчиков многое покажется очевидным капитанством, однако молодых специалистов такие ловушки могут легко увести на темную сторону силы.

50 лет назад был решен вопрос проблемы лунного грунта. Твердая поверхность Луны или покрыта толстым слоем пыли? Способен ли выдержать лунный грунт космический корабль и космонавта или они провалятся вглубь пыльного слоя?
Многие годы этот вопрос рождал гипотезы и научные споры. Нам сложно понять восхищение наших предков этой первой посадкой — мы ведь всегда знали что Луна твердая, а обратную сторону Луны можно легко найти в интернет. Точно также наши потомкам будет сложно понять то, что восхищает в наше время.

Пройдет каких-нибудь двадцать лет, и в космос станут летать по профсоюзным путевкам, люди достигнут ближайших планет — Луны, Марса, Венеры… Возможно, мы с вами не доживем — доживут дети. Но никто никогда не повторит того, что было совершено нами. Мы были первыми — и останемся ими уже на века! А это так трудно — быть первыми...

к/ф «Укрощение огня»

Меня зовут Евгений, я студент Белорусского Государственного Университета Транспорта. Всегда чесались руки все сделать самому, как только появились первые поломки моего первого горного велосипеда, правда очень бюджетного. Это был Stels Navigator 610.

На выходных я случайно полез разбирать хлам на полке и обнаружил стопку аккуратно сложенных DVD/CD дисков. Их оказалось более сотни. Среди них были как купленные диски, так и записанные. На них были фильмы, мультфильмы и музыка.



Я их собирал потому, что надеялся, что когда-нибудь буду их пересматривать и слушать. Но прошло более 10 лет, а диски я так ни разу и не достал. Всё это добро отправилось на мусорку.

Всё изменилось. Теперь мне их некуда вставлять и неначем воспроизводить. Развитие высокоскоростного интернета, облачных и стриминговых сервисов изменило мой мир потребление контента. Теперь я пользуюсь стриминговыми сервисами по подписке.

Почему именно по подписке? Да потому-что за смешную ежемесячную плату я получую доступ ко всем новинкам в офигительном качестве со всех доступных мне устройств. В данной статье я хочу рассказать о нескольких сервисах и приложениях, которые я использую для потребления контента.

Возможно через несколько лет и эти способы потребления контента будут устаревшими… поживём увидим :)

На Хабре уже много писали о методологии БЭМ, выросшей в Яндексе. И мы решили, что пора системно рассказать о том, откуда она появилась и что сделало БЭМ таким, каким мы его знаем. Думаем, это будет интересно не только тем, кто уже использует БЭМ, но и тем, кто считает, что эта методология не подходит для их проектов. Возможно, они увидят, что мы решали проблемы, похожие на их собственные, и найдут что-то полезное для себя.



Конечно, все началось с собственных потребностей Яндекса. Вместе с тем, как он рос, росло и количество сотрудников, которые занимаются фронтендом. Постепенно команда увеличилась настолько, что стало очевидно — без единых стандартов работать будет сложно. К тому же, мы находимся в офисах Яндекса в разных городах. Возникла идея создать общую методологию, которая поможет организовать процессы в большой команде, работающей над разными проектами. А главное то, что мы хотели не только упорядочить и ускорить разработку, но и снизить порог входа в проект для нового разработчика.

Индикатор кулачкового аналогового компьютера / Wiki

В нашем блоге мы уже рассказывали о разработке системы квантовой связи и о том, как из простых студентов готовят продвинутых программистов. Сегодня мы решили вернуться к теме машинного обучения и привести адаптированную (источник) подборку полезных материалов.

Здравствуй Хабрахабр!

В этой статье речь пойдет о задачах на рекурсию и о том как их решать.

Кратко о рекурсии

Рекурсия достаточно распространённое явление, которое встречается не только в областях науки, но и в повседневной жизни. Например, эффект Дросте, треугольник Серпинского и т. д. Один из вариантов увидеть рекурсию – это навести Web-камеру на экран монитора компьютера, естественно, предварительно её включив. Таким образом, камера будет записывать изображение экрана компьютера, и выводить его же на этот экран, получится что-то вроде замкнутого цикла. В итоге мы будем наблюдать нечто похожее на тоннель.

В программировании рекурсия тесно связана с функциями, точнее именно благодаря функциям в программировании существует такое понятие как рекурсия или рекурсивная функция. Простыми словами, рекурсия – определение части функции (метода) через саму себя, то есть это функция, которая вызывает саму себя, непосредственно (в своём теле) или косвенно (через другую функцию).

О рекурсии сказано много. Вот несколько хороших ресурсов:

Уже несколько месяцев с любопытством гляжу в сторону дистрибутивной семантики — познакомился с теорией, узнал про word2vec, нашёл соответствующую библиотеку для Питона (gensim) и даже раздобыл модель лексических векторов, сформированную по национальному корпусу русского языка. Однако для творческого погружения в материал не хватало душезабирающих данных, которые было бы интересно через дистрибутивную семантику покрутить. Одновременно с этим увлечённо почитывал стишки-пирожки (эдакий синтез задиристых частушек и глубокомысленных хокку) — некоторые даже заучивал наизусть и по случаю угощал знакомых. И вот, наконец, увлечённость и любопытство нашли друг друга, породив воодушевляющую идею в ассоциативных глубинах сознания — отчего бы не совместить приятное с полезным и не собрать из подручных средств какой-нибудь «поэтичный» поисковик по базе пирожков.

из ложных умозаключений
мы можем истину сложить
примерно как перемножают
два отрицательных числа

Нечеткий поиск строк является весьма дорогостоящей в смысле вычислительных ресурсов задачей, особенно если вам необходима высокая точность получаемых результатов. В статье описан алгоритм нечеткого поиска в словаре, который обеспечивает высокую скорость поиска при сохранении 100% точности и сравнительно низком потреблении памяти. Именно автомат Левенштейна позволил разработчикам Lucene повысить скорость нечеткого поиска на два порядка

В первой части статьи мы рассмотрели универсальный автомат Левенштейна — мощный инструмент для фильтрации слов, отстоящих от некоторого слова W на расстояние Левенштейна не более заданного. Теперь пришло время изучить способы применения этого инструмента для эффективного решения задачи нечеткого поиска в словаре.

Привет, Хабр! Мы, Wrike, ежедневно сталкиваемся с потоком данных от сотен тысяч пользователей. Все эти сведения необходимо сохранять, обрабатывать и извлекать из них ценность. Справиться с этим колоссальным объёмом данных нам помогает Apache Spark.

Мы не будем делать введение в Spark или описывать его положительные и отрицательные стороны. Об этом вы можете почитать здесь, здесь или в официальной документации. В данной статье мы делаем упор на библиотеку Spark SQL и её практическое применение для анализа больших данных.

Помните, на Хабре в разделе GTD была любопытная статья от BarsMonster о том, что кроме лени, прокрастинации и проблем с планированием времени может мешать эффективной работе и жизни?
Если кто пропустил эту статью — очень рекомендую!

О том, что качество воздуха прямо влияет на продуктивность существования в этом мире я и раньше догадывался, но благодаря прибору, измеряющему уровень CO2, у меня появилась возможность лично проверить насколько всё плохо.

В этой статье я поделюсь с вами результатами своих изысканий.
Проводил замеры в небольшой квартире, торговом зале на 100 квадратов, а также в небольшой приёмной одной компании. Кому интересно, добро пожаловать под Cut (осторожно, траффик).

Зачем это нужно и как реализовать программно

Много рассуждений

В предыдущей статье про настройку док-станций, я упоминал как тяжко, в свое время, мне было пользоваться лаптопами «потребительского» сегмента. Отсутствие docking-port'a и необходимость каждый раз по приходу домой или на работу подключать кучу кабелей — все это неприятно и раздражало, но что действительно вызывало страдания, так это отсутствие трекпоинта: той самой «красной пимпочки», которую можно встретить на лаптопах от IBM/Lenovo (синяя или серая в случае HP и DELL). Подробней можно почитать на той же Википедии.

Зачем он нужен? Когда большая часть операций производится с клавиатуры, будь то написание кода, либо работа в командной оболочке, необходимость переместить руку на мышь дабы переместить графический курсор и что-нибудь там кликнуть не вызывает особой радости.